电导率不同，纯水电导率在2-10us/cm之间，超纯水的电导率为 0.056us/cm。

制造的难易程度不同，目前市场上使用的纯水基本上都是经过北京反渗透设备、蒸馏等方法制得，而超纯水设备是纯水的基础上还要经过光氧化技术、精处置和抛光处理等一系列复杂的纯化技术制得的。

重金属、细菌、微粒数等指标也大不相同，纯水杂质含量是 ppm级，而超纯水为 ppb级，简单地说超纯水中已经没有什么杂质，接近于理论上的水。

使用的领域也不相同。

对输送管道材质的要求也不相同，超纯水对输送管道材质的要求要比超纯水严格的多。